在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起，通过超声或酶处理将染色质切为小片段后，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来，以富集存在组蛋白修饰或者转录调控的DNA片段，再通过多种下游检测技术（定量PCR、基因芯片、测序等）来检测此富集片段的DNA序列。(检测相关技术服务：Real-timePCR技术服务、基因芯片及结果验证服服务、高通量测序及结果验证服务)

　　免疫沉淀CHIP技术实验步骤

　　染色质免疫共沉淀技术包括3个独立的步骤，即固定、沉淀和检测。

　　1、固定

　　甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA交联，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。首先在体内用甲醛固定DNA和蛋白质复合物，需要注意甲醇的交联时间，如果过长，细胞染色质难以用超声波破碎，影响ChIP结果，而且实验材料也容易在离心过程中丢失；交联时间如果过短，则交联不*，产生假阴性。交联反应可加入甘氨酸终止。然后用化学（微球菌酶）或者机械（超声波）的手段将其随机切成一定长度的染色质小片段（200～1000bp）。

　　2、免疫沉淀

　　利用目的蛋白质或者目的蛋白质上标签的特异性抗体，通过抗原和抗体反应形成DNA－蛋白质－抗体复合体，然后沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段。

　　3、目的片段的纯化与检测

　　经过热处理及交联，释放共沉淀的DNA；再将DNA片段纯化后，对沉淀的DNA样品进行检测。目前检测方法主要有3种：第1种是比较沉淀的模版与阴性和阳性对照PCR信号强度的普通PCR实验，或者相对精确的定量PCR方法。第2种是将沉淀的DNA与DNA微阵列芯片杂交（ChIP-on-ChIP），以检测多基因轨迹全部的相互作用。第3种是高通量DNA测序分析。